Công ty tổ chức theo mô hình: Chủ tịch kiêm giám đốc Công ty, bộ máy tổ chức quản lý
Công ty bao gồm:
- Chủ tịch kiêm giám đốc Công ty.
- Ban giám đốc Công ty gồm giám đốc và 02 phó giám đốc Công ty.
- Các phòng ban chuyên môn nghiệp vụ.
+ Phòng Tổ chức - Hành chính;
+ Phòng Tài vụ;
+ Phòng Kế hoạch Kỹ thuật;
+ Phòng Quản lý nước và công trình;
+ Đội Khảo sát thiết kế;
+ Ban Quản lý dự án.
Cơ cấu tổ chức các phòng, ban trong Công ty có trưởng phòng, ban; phó phòng, ban và các nhân viên quản lý kỹ thuật, kinh tế.
- Các xí nghiệp trực thuộc:
+ Xí nghiệp Khai thác thuỷ lợi Phú Bình: Trụ sở tại thị trấn Hương Sơn, huyện Phú Bình, tỉnh Thái Nguyên; Điện thoại: 0280 3867 513.
+ Xí nghiệp Khai thác thuỷ lợi Hiệp Hoà: Trụ sở tại Khu II, thị trấn Thắng, huyện Hiệp Hoà, tỉnh Bắc Giang; Điện thoại: 0240 3872 236.
+ Xí nghiệp Khai thác thuỷ lợi Tân Yên: Trụ sở tại Phố mới, thị trấn Cao Thượng, huyện Tân Yên, tỉnh Bắc Giang; điện thoại: 0240 3878 247.
+ Xí nghiệp Khai thác thuỷ lợi Việt Yên: Trụ sở tại Thị trấn Bích Động, huyện Việt Yên, tỉnh Bắc Giang; Điện thoại: 0240 3874 236.
Cơ cấu tổ chức các xí nghiệp gồm: Giám đốc, phó giám đốc, nhân viên quản lý kỹ thuật, kinh tế, văn thư, đánh máy, thủ kho, thủ quĩ, tạp vụ và các cụm thuỷ nông, trạm bơm là đơn vị sản xuất do Xí nghiệp khai thác thuỷ lợi huyện trực tiếp quản lý. Trong các cụm thuỷ nông, trạm bơm có các công nhân thuỷ nông, bơm điện quản lý vận hành máy móc thiết bị phục vụ sản xuất nông nghiệp và dân sinh.
